Au début du XXe siècle les transformations sont profondes : on apporte des preuves de l'existence de l'atome, Albert Einstein élabore la théorie de la relativité restreinte (qui bouleverse notre conception du temps, de l'espace, de la matière et de l'énergie→ E=mc2 ) puis la relativité générale (théorie sur l'attraction gravitationnelle et la géométrie de l'espace-temps, cette théorie permet de se représenter des histoires possibles pour l'Univers et de lui donner un âge en s'appuyant sur des observations astronomiques). Einstein confirme l'aspect corpusculaire de la lumière (photon). L'Univers est mieux compris : le chanoine catholique Georges Lemaître en utilisant la relativité générale étudie l'expansion de l'Univers, Hubble découvre que l'univers s'étend au delà de notre voie lactée où existe d'autres galaxies et qu les galaxies s'éloignent les unes des autres.
L'étude des particules de l'atome conduit à la physique quantique : Louis De Broglie montre l'aspect ondulatoire de certaines particules, en effet des phénomènes d'interférences et diffraction de particules matérielles existent, en 1926 Erwin Schrödinger donne son équation (HѰ = iℏ ∂Ѱ/∂t), la physique quantique bouleverse notre conception du monde microscopique, par exemple on abandonnera la notion de trajectoire pour des particules assez petites.
Ce n'est plus de l'histoire des sciences mais il faut souligner ici que les découvertes scientifiques et techniques n'ont pas toujours été utilisées pour la paix et l'amélioration des conditions de vie, le XIXe siècle est un exemple de période emplie de conflits et violences, et il faut noter que la vie de nombreux scientifiques a été bouleversée par des conflits (par exemple certains scientifiques ont du fuir leur pays de naissance).
XXe siècle et XXIe siècle : après ses débuts, la physique quantique va évoluer en une théorie fondamentale incluant la relativité restreinte et deviendra la physique quantique des champs. La physique quantique des champs décrit notamment les chocs ou interactions des particules fondamentales (notamment dans les grands accélérateurs→CERN), cette théorie est aussi utile pour comprendre l'histoire de l'univers (débuts de l'univers haute densité d'énergie).
Une difficulté, encore non résolue actuellement, même si des progrès importants ont été réalisés, est de concilier relativité générale et physique quantique, notamment pour étudier des domaines physiques très petits et très denses en énergie comme les trous noirs ou l'Univers à ses premiers instants (→ théorie des cordes, théorie des boucles, gravité entropique, ...).